De-a lungul timpului numeroase teorii ale conspirației au fost emise. Încă nu este cunoscut cu siguranță vinovatul sau vinovatul principal pentru uciderea lui Kennedy, însă fostul general român Pacepa, fugit în Statele Unite, a scris în cartea lui că moartea lui Kennedy a fost cu siguranță rezultatul unei conspirații.
Ion Mihai Pacepa, şef adjunct al Departamentului de Informaţii Externe (spionaj) a României comuniste şi consilier personal al preşedintelui Nicolae Ceauşescu, dă vina pe KGB pentru orchestrarea asasinatului, relatează descoperă.ro. În cartea "Programat să ucidă: Lee Harvey Oswald, KGB-ul şi asasinarea lui Kennedy", Pacepa notează că
Cine l-a omorât pe John F. Kennedy!
Alți posibili vinovați pentru uciderea lui John F. Kennedy ar fi cel care i-a luat locul, Lyndon Johnson, Fidel Castro sau chiar Mafia, care ar fi fost, spun unii, implicată.
Lyndon B. Johnson
Citește și: Hemoglobina: Ce este si ce se ascunde o valoare scazuta a acesteia?
O parte din motivul pentru care mulţi americani cred că Johnson ar fi fost în spatele asasinului este o carte scrisă de Roger Stone, un apropiat al autorităţilor de la Washington care a lucrat cu Richard Nixon, Ronald Reagan şi George W. Bush. Stone este de părere că Johnson l-ar fi angajat pe asasinul Malcolm Wallace, ceea ce explică acuzaţiile potrivit cărora el s-ar fi aplecat înainte ca focurile de armă să fie trase.
Stone crede că Johnson şi-ar fi mărturisit crima. ”Amanta de 21 de ani a lui Johnson, Madeleine Duncan Brown, care i-a născut un copil ilegitim, a spus că Lyndon Johnson i-ar fi spus în seara dinaintea atentatului "După ziua de mâine nu voi mai avea de-a face cu aceşti Kennedy"”.Fidel Castro
Unele teorii ale conspiraţiei susţin că preşedintele american a fost omorât de liderul cubanez Fidel Castro.